Normalement, tu peux choisir sur quelle partition (donc sur quel DD) installer Windows (pour Vista, normalement aussi).
Donc tu installe, et tu choisis la partition que tu veux

Tu peux, bien sûr, débrancher ton 1er disque-dur pour être sûr, mais le problème, c'est qu'après le secteur de boot ne sera pas à jour, puisqu'il y en aura un sur chaque disque-dur...